Este artículo analiza el impacto de la pandemia por Covid-19 en una problemática particular: el fenómeno de la migración en tránsito por México. De manera más particular, se realiza un primer acercamiento a diversas temáticas, y se delinean nuevas agendas y líneas de acción para investigaciones futuras de mayor alcance. El tránsito en tiempos de pandemia incrementó los riesgos y la vulnerabilidad de miles de migrantes provenientes principalmente de Centroamérica. Es evidente que si para el migrante en tránsito los riesgos se acrecientan, también para los estudiosos de la migración surgen nuevas tareas que atender. Este texto busca poner sobre la mesa las nuevas agendas investigativas post Covid-19. Se parte de una revisión de libros, artículos, reportes de investigación, y posicionamientos de las autoridades y los organismos internacionales respecto a la problemática, y se delinean temáticas como: el contexto general de la transmigración por México durante la pandemia, la alta contagiosidad del Covid-19, las nuevas caravanas migrantes, las condiciones de los albergues, vulnerabilidad de las mujeres migrantes, el aumento de la discriminación y xenofobia, y la etapa de vacunación.